پاسخ به این پرسش، مستلزم تفکیک مفهومی و حقوقی میان جایگاه های انتصابی و انتخابی در نظام جمهوری اسلامی ایران است. در این چارچوب، چند نکته قابل تأمل است:

نخست آن که ریاست جمهوری یک مقام انتخابی عام است که شرایط خاصی را طبق اصل 115 قانون اساسی و قانون انتخابات ریاست جمهوری می طلبد. این جایگاه نیازمند احراز صلاحیت های متعددی چون مدیریت، تدبیر، سابقه اجرایی، اعتقاد عملی به نظام و... است. این در حالی است که دبیر شورای عالی امنیت ملی یک مقام انتصابی و تابع اراده رییس جمهور است و این مسئولیت ذیل اصل 176 قانون اساسی تعریف می شود؛ بنابراین تفاوت ماهوی میان این دو جایگاه، از حیث فرآیند انتخاب، مشروعیت یابی و معیارهای قانونی، به وضوح مشخص است.

ثانیاً، شورای نگهبان در بررسی صلاحیت نامزدهای ریاست جمهوری، در چارچوبی قانونی، محدود و ناظر به یک مقطع زمانی مشخص عمل می کند. رد صلاحیت یا عدم احراز صلاحیت از سوی این شورا، هرگز به معنای ناتوانی مطلق یا فقدان مشروعیت سیاسی یک فرد در سایر مناصب نظام نیست. سوابق متعددی در تاریخ جمهوری اسلامی وجود دارد که در آن ها افراد در یک دوره تأیید صلاحیت شده اند و در دوره ای دیگر نه، یا بالعکس. شورای نگهبان وظیفه دارد نسبت به احراز شرایط خاص ریاست جمهوری در یک زمان معین و با توجه به مقتضیات روز اظهارنظر کند، نه داوری درباره شایستگی کلی، دائمی یا چندبُعدی یک شخصیت سیاسی.

از سوی دیگر، دبیر شورای عالی امنیت ملی با حکم رییس جمهور منصوب می شود. انتخاب او نه نیاز به رأی عمومی دارد، نه مستلزم تأیید شورای نگهبان است.

افزون بر این، تصور برخی مبنی بر اینکه فردی به صرف حضور یا عدم حضور در شورای عالی امنیت ملی، الزاماً شایسته یا فاقد صلاحیت برای ریاست جمهوری است، برداشتی نادرست از ساختار حقوقی نظام است. شورای عالی امنیت ملی، نهادی تخصصی و محدود به حوزه امنیتی است و صلاحیت آن در تعیین سرنوشت اجرایی کلان کشور، از جنس وظایف رییس جمهور نیست. از همین رو، نمی توان کارویژه های امنیتی-تخصصی این شورا را با نقش اجرایی و عمومی رییس جمهور خلط کرد.

در نهایت، بر اساس اصول حقوق عمومی، نمی توان با یک معیار واحد در مورد صلاحیت برای همه مناصب داوری کرد. هر مسئولیت، بسته به ماهیت، شیوه مشروعیت بخشی، و ساختار نظارتی خود، معیارهای خاصی دارد. مسئولیت انتخابی نیازمند احراز در افکار عمومی و نهادهای نظارتی چون شورای نگهبان است، در حالی که مسئولیت های انتصابی مانند دبیری شورا، تابع اراده رییس جمهور و اعتماد نهادهای بالادستی است.

بر این اساس، هیچ تناقضی میان رد صلاحیت فردی برای ریاست جمهوری و انتصاب او به یک مسئولیت انتصابی دیگر وجود ندارد، و این موضوع بیش از آن که نشانه ی تعارض یا تناقض در نظام باشد، بیانگر تفاوت کارکرد نهادها، تنوع معیارهای احراز صلاحیت، و احترام به ساختار حقوق عمومی در نظام جمهوری اسلامی است.