به نقل از خبرورزشی اوایل مرداد سال 1390 این شایعه مطرح شد که کریم باقری با پیشنهاد حضور در هیئت مدیره باشگاه تراکتور مواجه شده و علاوه بر آن، به او گفته اند که می تواند در سمت مشاور فنی هم با این باشگاه همکاری کند.

بلافاصله پس از طرح شایعه فوق، برخی از مدیران وقت باشگاه تراکتور آن را تکذیب کردند و همین اتفاق باعث عصبانیت آقاکریم شد. مربی کنونی پرسپولیس طی مصاحبه اختصاصی با خبرورزشی که پنجم مرداد سال 1390 منتشر کردیم، پیرامون این ماجرا گفت: حدودا دو ماه قبل و در بهار سال 90 مدیرعامل تراکتور با من صحبت کرد و پیشنهاد داد عضو هیئت مدیره این باشگاه شوم ولی نمی دانم چرا حالا آن را تکذیب کرده اند. بهتر است دلیل چنین حرکتی را از خود مدیرعامل باشگاه بپرسید چون کریم باقری نباید در مورد تکذیب موضوعی حرف بزند که واقعیت داشته است. حتی در آن مقطع به آقای جعفری مدیرعامل باشگاه تراکتور هم گفتم که نمی توانم خیلی سریع تصمیم بگیرم و جواب بدهم ولی حالا با این اتفاقاتی که رخ داده، دیگر به پیشنهاد آقایان فکر نمی کنم و با صراحت می گویم حضورم در هیئت مدیره تراکتور منتفی شده است.

باقری در مورد عدم دریافت مطالبات خود از پرسپولیس بابت دهمین دوره رقابت های لیگ برتر نیز تصریح کرد: چند بار با باشگاه پرسپولیس تماس گرفتم اما نتوانستم با مدیرعامل صحبت کنم. شما خودتان اگر جای من باشید، ناراحت نمی شوید؟ نمی دانم چرا در پرسپولیس اینطوری با من برخورد می کنند! سال ها برای این تیم بازی کردم و فکر می کنم این طور برخوردها درست نیست. اگر قرار باشد چنین وضعیتی ادامه پیدا کند، اصلا بیخیال تسویه حساب می شوم چون شخصیتم اجازه نمی دهد برای چیزی که حق مسلم من است، بارها تماس بگیرم.